ネタバレ有＊Netflix｢暗黒と神秘の骨｣全話あらすじ･感想･キャスト･用語解説･予告動画

王国軍調査部隊に所属する地図製作者のアリーナは、野営地で幼なじみのマルと再会。しかしマルは“影溜まり”と呼ばれる領域で物資を運ぶ危険な任務に就き、マルと離れたくないアリーナは同行するための策を講じる。
第2軍のグリーシャとともに船に乗り込み、影溜まりを進むアリーナたち。だが怪物ヴォルクラの群れに襲われ、マルを助けようとしたアリーナはヴォルクラに連れ去られそうになる。そのときアリーナの体からまばゆい閃光が放たれ、船は救われる。
一方、カーチ島ケテルダムでは、犯罪集団〈クロウ〉を率いるカズが儲け話を耳にする。金持ちの商人ドレーセンが乗組員を募集しており、東ラヴカに行ってあるものを持ち帰れば100万クルーガーの報酬がもらえるという。
カズがドレーセンに会いに行くと、2週間前に影溜まりを渡ったアレクセイという若い兵が拘束されていた。アレクセイは自分の乗った船がヴォルクラに襲われ、“太陽の召喚者”によって救われたことを打ち明ける。
アリーナの名前を聞き出したドレーセンはアレクセイを撃ち殺し、カズと仲間たちにアリーナを連れてくるよう命じる。

影溜まりを渡って港に辿り着いたアリーナは、手当もそこそこにキリガン将軍のテントに連れて行かれる。ゾーヤから船で起きた出来事を聞いたキリガン将軍は、アリーナを試し、彼女が“太陽の召喚者”であることを確かめる。アリーナは無理やり馬車に乗せられ、小王宮（リトルパレス）へと運ばれる。
しかし護送隊は敵国フョーダ軍の精鋭ドゥルスケラの襲撃を受け、アリーナも命を奪われそうになる。そこへキリガン将軍が駆けつけ、アリーナを救って小王宮へ送り届ける。
カズの手下イネジュは、かつての所有者だった売春宿〈メナジェリー〉の女主人へリーンに呼び出され、借金を帳消しにする代わりに商売の邪魔をする人身売買者を殺してほしいと頼まれる。
だがその男は人身売買者ではなく、影溜まりを渡る“案内人”アーケンだった。カズはイネジュを説得してアーケンを救い、イネジュを東ラヴカに連れて行くための担保として〈クロウ・クラブ〉の権利書をへリーンに渡す。

アリーナは小王宮のグリーシャに仲間入りし、ピョートル国王に謁見する。アリーナの能力を目の当たりにした国王は、訓練を急ぐよう命じる。彼は“太陽の召喚者”を使って影溜まりを壊し、独立の気運が高まる西ラヴカと統合することでフョーダとの戦争に勝利しようと考えていた。
西ラヴカでは、案内人のアーケンと落ち合うはずだった“破壊する者”ニーナが、フョーダのドゥルスケラに捕まり、彼らの船に乗せられていた。
カズたちは彼女なしで東ラヴカに向かうことを決め、アーケンが所有する汽車で影溜まりを渡ることに。途中で燃料の石炭が足りなくなり、ヴォルクラの群れに襲われるが、ジェスパーの銃で危機を乗り切る。
アリーナは厳しい訓練や、自分に与えられた重すぎる役割を受け入れることができず、孤独に苦しむ。もとの生活に戻りたいと願い、マルに何通も手紙を書いて送るが、返事は来ない。

マルが所属する隊はチェルナストの野営地に到着する。彼もまたアリーナに手紙を送っていたが、彼女からの返事は届かなかった。そんなとき、首都オス・アルタから伝説の動物“モロツォーヴァの牡鹿”の探索指令が届く。牡鹿を見つけた者は小王宮に招かれると聞いたマルは、アリーナに会いたい一心で探索を志願する。
カズたち一行は東ラヴカのクリバースクに到着する。しかし小王宮は冬の祝祭中で、第2軍の兵士が集まっていることから簡単には潜り込めなかった。カズは王立公文書館に小王宮の設計図があることを突き止め、仲間たちと設計図を盗み出す。
アリーナはキリガン将軍と乗馬に出かけ、彼が深い孤独を抱えていることを知る。彼の先祖は数百年前に国王を裏切り、禁断の科学を使って影溜まりを生み出したといわれる「闇の主（ダークリング）」だった。
待ちわびるマルからの返事はいっこうに届かず、アリーナはしだいにキリガン将軍に惹かれるようになる。マルに見捨てられたと思い込んだアリーナはマルを頼るのをやめ、その覚悟がついに能力を開花させる。
マルは牡鹿を追ってフョーダの領地に入り、フョーダ兵の襲撃に遭う。友人のダブロフとミカエルを失い、自身も負傷するが、彼の前に光り輝く牡鹿が現れる。

イネジュとジェスパーは旅芸人の一座として、カズは護衛兵に扮して小王宮に潜入する。第1軍の野営地に帰還したマルは、キリガン将軍に牡鹿発見の報告をするため小王宮へ向かう。
アリーナは国王や多くの来賓者が見守る中、キリガン将軍と同じ黒のケフタを身につけて力を披露する。力をまのあたりにした人々は「聖アリーナ」と呼んでアリーナに跪く。
小王宮に辿り着いたマルはキリガン将軍に会い、アリーナに会わせてくれたら牡鹿の場所を教えると告げる。だがキリガンは2人を会わせようとせず、アリーナを自分のものにしようとする。キリガンの求めに応じかけたアリーナだったが、バグラから彼こそが数百年前に影溜まりを生み出した“黒の異端者”だと知らされる。バグラはキリガンの母だった。
彼は禁断の科学を使って自分の軍隊を作ろうとしたが失敗し、土地の民を邪悪な怪物ヴォルクラに変えてしまったのだ。そして名前を変えて正体を隠し、何百年ものあいだ歴代の王に仕えて“太陽の召喚者”を待ち続けてきたのだった。
キリガンの狙いは、アリーナを配下に置いて影溜まりを武器として使うことだった。もし彼が伝説の牡鹿を手に入れれば、能力が増幅して手に負えなくなってしまう。アリーナにはまだキリガンを倒す力がないと判断したバグラは、抜け道を教えて彼女を逃がす。
アーケンはカズの仲間に入るふりをして、アリーナの命を狙っていた。彼は西ラヴカの先導者ズラタン将軍の命を受けていた。しかしアーケンが殺したのはアリーナの影武者で、彼はキリガンに捕まってしまう。アーケンの狙いに気づいたカズが、そうなるように仕向けたのだった。
アリーナは偶然にもジェスパーが用意した馬車に隠れ、ジェスパーは護衛兵から逃げてきたカズとイネジュを馬車に乗せて小王宮を後にする。

キリガン将軍はアーケンを殺害し、アリーナを連れ去ったカズたちの行方を追う。フェデヨールは失踪したニーナの捜索を命じられる。
馬車を降りたアリーナはカズたちに同行を求められるが、イネジュが彼女を逃がす。兵に追われて森に逃げ込んだアリーナは、彼女を追ってきたマルと再会する。マルが手紙を送り続けていたこと、アリーナに会うために危険な任務を経てここまでやってきたことを知り、涙がこみ上げるアリーナ。2人は牡鹿を見つけるため北を目指す。
敵国フョーダの兵に捕まったニーナは、嵐で船が遭難し、敵兵のマティアスと協力して岸に辿り着く。ニーナを“魔女”として憎んでいたマティアスだったが、彼女の力に助けられ、次第に心を許し始める。
キリガン将軍と手下のグリーシャはアリーナが乗った馬車を見つけ、カズたちを追い詰めるが、逃げられてしまう。キリガンはアリーナがマルと行動をともにしていることを知り、2人が牡鹿を追っていることに気づく。

数百年前。アレクサンダーは国王の兵に大切な人たちを殺され、仲間を救うために禁断の科学を使って軍隊を作ることを決意する。母バグラの反対を押し切って実行した結果、影溜まりが生まれる。
マルとアリーナは牡鹿を見つけるが、キリガンに追いつかれ捕まってしまう。マルを人質に取ったキリガンは牡鹿を殺し、アリーナと自分の体に牡鹿の角を埋め込む。それによってアリーナの力を自在に操ることができるようになったキリガンは、影溜まりで力を試すため野営地に向かう。
国王は病に侵され、アパラットが摂政になったことを知るアリーナ。友人だと思っていたジェンヤはキリガンのスパイで、国王の病は彼女の仕業だった。
カズは計画を諦め、ケテルダムに戻ることを決める。イネジュは〈メナジェリー〉に戻されることを恐れるが、カズは戻さないことを約束する。3人は変装してアリーナと同じ船に乗り込む。
キリガンに捕らわれていたマルは見張りの目を盗んで拘束を解き、船に潜り込む。

ニーナとマティアスは互いに惹かれ合い、2人で生きていく方法を探る。だがニーナを追ってきたフェデヨールが、マティアスを捕まえてキリガン将軍に差し出そうとする。ニーナはマティアスを救うために彼は奴隷商人だと嘘をつき、パブの人々を味方につけてフェデヨールを追い返す。
アリーナとキリガン、カズ、マルたちを乗せた船は影溜まりに入る。キリガンは影溜まりを壊す気などなく、最大の武器として利用しようとしていた。西ラヴカではズラタン将軍がキリガンと“太陽の召喚者”を殺そうと、船を待ち構えていた。キリガンは船を止め、闇溜まりを広げてノヴォクリバースクを飲み込み、港の人々を虐殺する。
カズは密航しているマルを見つけ、協力してキリガンに襲いかかる。マルはキリガンに発砲するが、すぐに取り押さえられる。ゾーヤはキリガンを裏切ってイネジュを助け、船を進めようとするが、ヴォルクラの群れが襲いかかる。
アリーナの前に光に包まれた牡鹿が現れる。力を得られるのは牡鹿を殺した者ではなく、牡鹿に選ばれた者だった。アリーナはキリガンの掌をナイフで刺し、彼の手に埋め込まれた牡鹿の角を外す。
アリーナはイヴァンに殺されそうになるが、ジェスパーに助けられる。マルはキリガンとともに船の外に落ち、キリガンと戦う。不死身のキリガンは何度も立ち上がるが、最後はヴォルクラに食われてしまう。船は意識を取り戻したアリーナによって救われる。
船を下りたアリーナは、マルとともにラヴカを出ることを決意。口止め料として、身につけていた宝石をカズに渡す。ゾーヤは一族の生死を確かめるため、ノヴォクリバースクに戻る。
奴隷商人として捕らわれたマティアスは、ヘルゲートの監獄に送られるためケテルダムへ向かう船に乗せられる。ニーナは法廷で訴えを取り下げると約束するが、マティアスは騙されたと思い込み彼女を罵る。
船はオス・ケルヴォに到着し、カズとアリーナたちが乗り込む。港では“太陽の召喚者”が死んだという噂が広まっていた。アリーナとマルは隠れながら生きることを覚悟し、いつか壁溜まりを破壊するために戻ってくることを誓う。
だが影溜まりで死んだと思われたキリガン将軍は、まだ生きていた。