｢レジデント･エイリアン｣シーズン2全話あらすじ･キャスト･予告動画

ハリーの宇宙船に乗り込んでしまったマックス。家に帰らせてと訴えるも無視され、力ずくで引き返させようとした挙げ句、宇宙船は墜落する。
頭に怪我を負ったハリーは病院で目を覚ます。しかし記憶が混乱し、ハリーとして暮らしていたことを忘れてしまっていた。
一方、アスタはマックスが軍に捕まったと思い込み、ベンとケイトに説明しようとホーソン家を訪れる。するとそこには普段通りの様子のマックスが。マックスから宇宙船が墜落したことを聞かされ、行方不明のハリーを捜すアスタ。
やがてエイリアンと自称する男が病院に保護されているという情報が届き、アスタは失踪中の患者だと偽って彼の身柄を引き取りに行く。ハリーの記憶を取り戻そうと、彼が通っていた日本料理店に連れて行くアスタ。そこで水槽のタコに話しかけられ、ハリーは記憶を取り戻す。
急いで野球場へ向かうが、宇宙船は故障していた。「誰かに見つかったら大変なことになる」とアスタに説得され、しかたなく宇宙船を小さなエイリアンボールに変換して持ち帰ることに。
人間化してしまったために、任務に失敗したという記憶に苦しめられるハリー。マックスは宇宙船が墜落する瞬間、ハリーがとっさに自分を守ってくれたと言い、「嫌ってるふりしてても、君は僕が好きなんだ」と真実を突きつける。
保安官のマイクとリヴは、密かにハリーを調査することに。マイクは父親のルイスとともに、６年前に亡くなった相棒を悼む。
アスタは親友のダーシーにジェイが実の娘であることを打ち明け、仲直りする。そして故郷の星を恋しがるハリーを慰め、「地球では血縁関係がなくても家族よ」と告げる。
ハリーはレストランの水槽のタコに、「失敗したお前のかわりに、誰かが全人類を抹殺しに来る」と告げられ、アスタが殺されることを考えて動揺する。自分がどんどん人間になっていくことを恐れたハリーは、水槽からタコを盗んで自宅に持ち帰る。

ハリーは仲間の攻撃から身を守るため、地下室に穴を掘り、エイリアンボールを使って地下シェルターを作る。アスタと2人でシェルターに入り、生き延びる計画だった。そしてシェルター暮らしには家事全般をこなす使用人が必要だと考え、救うに値する人間を探し始める。
マックスは突然生えてきた胸毛や濃いひげに慌てふためき、サハルとともにハリーを問い詰める。それはマックスがハリーの小屋から盗み出したエイリアンボールの影響だったが、ハリーは知らないふりをする。
アスタはハリーに町の人々と仲良くなってもらおうと、マイクたちがやっているポーカーに参加させる。そのポーカーの最中、ポーカー仲間のひとりが6年前にハリーが破産して小屋を売ろうとしたことを語る。
ハリーをシリアルキラーではと疑うマイクとリヴは、不動産業者のもとへ。ハリーは一旦は小屋を売りに出したがすぐに取りやめ、50万ドルもの借金を現金で返済したという。さらに、ハリーが以前勤めていたニューヨークの病院から、彼がボツリヌス毒素を保管するラボに不正侵入したことがある、という情報が入る。
ハリーはアスタを小屋に呼んで地下シェルターに案内する。エイリアンの仲間が地球を攻撃しに来ると知ったアスタは激怒し、「あなたと生き残るなら死を選ぶ」とその場で自殺するふりをする。アスタに死んでほしくないハリーは、無線機を作って仲間に連絡すると約束する。
そこへマイクとリヴが訪ねてくる。リヴは応対に出たアスタに「彼は危険人物よ」と忠告し、マイクは床下に隠してあったボツリヌス毒素の瓶を発見する。だが2人が地下室へ向かうと、もうひとりのアスタが現れ…。

マイクとリヴはサム・ホッジス殺害容疑でハリーを逮捕しようとし、逃げ回るハリーに向かって発砲する。２人を止めるため、アスタはハリーがエイリアンであることを明かす。
翌朝、マイクとリヴは昨夜の記憶を失っていた。ハリーが彼らの記憶を操作して忘れさせるとともに、サムを殺した真犯人はほかにいて、FBIが捜査を引き継ぐことになったと思い込ませたのだ。
アスタにせかされて無線機作りに取り掛かるハリーだったが、部品として必要な拡散器が手に入らず苦戦する。そこへケイトがいとこのカーリンを連れて現れる。カーリンはニューメキシコの研究所で働く技術者だった。
アスタたちは女性だけで憂さ晴らしのパーティーを開く。そこへハリーが現れ、カーリンを誘惑する。彼女の研究所にある拡散器が狙いだったが、アスタにそんなふうに女性を利用するのは残酷だと言われ、自ら盗みに入ることに。
リヴが一度も昇給していないことを知ったアスタとダーシーたちは、保安官事務所に忍び込んで町の職員の給与リストを盗み見る。新任の男性教師が自分の倍額の給料をもらっていると知ったケイトは激怒し、寝ているベンを叩き起こして賃金格差を糾弾する。
翌日、ハリーはエイリアンボールを使ってカーリンに変身し、研究所に侵入して目的の拡散器を盗むことに成功する。カーリンがセクハラ上司に狙われていることを知り、女性が置かれている立場を理解するハリー。
無線機を完成させたハリーのもとに、マックスとサハルがやってくる。サハルはエイリアンボールがマックスに悪い影響を与えていると気づき、秘密の場所に隠したとハリーに伝える。
ダーシーは「賃金の男女平等を求める」と書いたビラを作り、ヘリコプターで上空から撒く。ベンは町議会で賃金格差の解消を訴えるとケイトに約束する。

サハルとマックスはハリーの無線機を疑い、実は爆弾ではないかとアスタに話す。ハリーによると、故郷の星にメッセージを送るためには最適な場所から決められた日時に送信しなければならず、それを逃せば次のチャンスは１年後になるという。
アスタは送信に立ち会うため、父親のダンと一緒にハリーに同行するが、いとこのケイラとドリューもキャンプに参加したいと言い出す。ダンが２人と釣りを楽しんでいる間に、アスタはハリーと一緒に山に登る。
目的地に到着すると、ハリーは無線機を起動させる。無線機が本物だとわかり安堵するアスタだったが、そのメッセージの内容は、50年後に人類を滅ぼすよう仲間に伝えるものだった。
怒ったアスタは無線機を倒し、送信を中断させる。アスタがなぜ邪魔するのか理解できず、ハリーは混乱する。50年後であればアスタは死んでいるし、人類を抹殺すれば地球を救うこともできるからだ。
その夜、アスタとハリーは先住民の妻サニーの出産を手伝う。動画で学んだ知識を使い、無事に赤ん坊を取り上げるハリー。アスタのジェイに対する思いを知ったハリーは、人間がお互いの命をどれだけ大切にしているかを理解する。
ベンはケイトに説得され、偵察のためジェサップのレストランを訪れる。ＣＭでペイシェンスを中傷したジェサップの町長ミッチ・グリーンに会った２人は、ペイシェンスを見下す彼の発言に激怒して店を出る。
ダーシーはリヴを誘い、両親との食事会に出かける。リヴはそこで女性とデート中のマイクを見かける。デート相手にペンシェンスに来た理由について問われたマイクは、ワシントンDCでミスを犯し、親友を死なせてキャリアを失ったことを明かす。
エイリアンを捜すマカリスターは、精神科に通う患者を拉致して秘密の施設に監禁する。監禁されている者の中には診療所の医師イーサンもいた。キャスパーはエイリアンの特徴を持つ暗号を拾い、マカリスターに報告する。
その頃、ハリーの家にあった無線機が信号を受信する。故郷の言語で届いたのは、ニューヨーク市の電話番号だった。

5年前。ワシントンDCでマイクの相棒だったジェシーは、マイクとともに犯人を追跡中に撃たれ、亡くなってしまう。部屋にこもり酒浸りになっていたマイクは、ジェシーが飼っていた子犬のクリータスを引き取る。
ハリーはエイリアンの言語で書かれた電話番号を受信するが、人間になりすぎた自分を仲間に拒絶されることを恐れ、連絡することができない。アスタは渋るハリーに電話をかけさせるが、電話に出たのはピザ店だった。
そんな中、マイクとリヴが自転車を盗もうとした少女ライザを捕まえる。ライザはハリーの最初の妻との娘で、非行少年更生キャンプから逃亡してきたという。アスタに説得され、しぶしぶライザを連れて帰るハリー。テレビで学習した父親像を実践するハリーだったが、ことごとくうまくいかず、ライザに「何か違う」と怪しまれる。
ハリーはライザを連れてファミリーデーに参加する。ハリーと仲良くなったライザは、自分が３年前とは変わってしまったことや、３年ぶりに会う父親に受け入れてもらえるか不安だったことを打ち明ける。ライザは「一緒に過ごせてよかった」と告げて母親のもとに帰る。
リヴは記憶がない一日にこだわり、エイリアンの仕業ではないかと考え始める。マイクもその日の記憶が欠けていることに気づき、過去の辛い経験が原因ではないかと密かにハリーに相談する。ハリーはマイクの懸念を取り除くため、彼が病気の父親と釣りを楽しんでいる架空の記憶を植え付ける。

６か月前。サム・ホッジスは本物のハリーを訪ね、ニューヨークの慈善イベントで得た大金の件で相談する。家族の隠し撮り写真が送りつけられ、恐怖を感じているという。警察に話すというサムを、「やつらに逆らうには計画が要る」と説得する本物のハリー。だがサムが帰ると、ハリーは何者かに連絡してサムの処置を相談する。
現在。ハリーとアスタは例の電話番号に該当するピザ店を調べるため、ニューヨークへ行くことを決める。ハリーは旅費として、もともと小屋にあったという大金の入ったバッグを持ち出す。バッグの中にはハリーと親しい人たちを隠し撮りした写真と、サムの患者のカルテが入っていた。
サムのメモには「ガルヴァン・パウエル・グループに対抗する証拠だ」と書かれており、アスタはサムの死と関係しているのではと推測する。
ニューヨークへ発つ前日、サハルはハリーの小屋を訪ね、エイリアンボールを誰かに盗まれたことをハリーに話す。２人が言い争っていると、ハリーが預かっていた犬がタコをくわえて現れる。タコは「仲間を見つけろ」とハリーに告げて死んでしまう。彼の遺言に従い、タコを調理して泣きながら食べるハリー。
翌日、ハリーとアスタはニューヨークへ行き、例のピザ店を訪れる。ピザ店に手がかりはなかったが、店の近くで壁画を発見する。そこにはエイリアンの文字で「ゴリアテ」と書かれていた。
謎の路上アーティストであるゴリアテがエイリアンだと推測し、彼を探すハリーとアスタ。その途中、ハリーはガルヴァン・パウエル・グループの関係者と思われる男に遭遇する。彼はハリーを見て驚き、「お前は大きな過ちを犯している」と告げて立ち去る。
リヴはマイクの様子がおかしいことに気づき、彼を呼び出して理由を問い詰める。マイクは６年前に相棒のジェシーを失ったことを話す。マイクにとってジェシーは幼い頃からの親友で、兄弟のような大切な存在だった。
未だに彼の死を乗り越えられず、自分を責めるマイク。また相棒を失うことになったら…と怯えるマイクに、リヴは「私にもあなたにも何も起こらない。私が阻止する」と断言する。
ケイトがマックスを連れて里帰りし、ベンはダーシーと一緒に土地を見に行く。ケイトの前ではがまんしていることが多く、自分を出せていないと語るベン。ダーシーに背中を押されたベンは、しまっておいた自分好みの壁掛けをリビングに飾る。
ハリーとアスタはゴリアテの絵を展示するギャラリーへ行き、彼がエイリアンであり、10年以上前から地球で生活していたことを知る。仲間が人間化していることに失望するハリー。ギャラリーの客から勧められた幻覚剤を試したハリーは、幻覚に襲われてパニックになり、ギャラリーを飛び出す。
アスタはイベントの主催者であるヴァイオリンダに声をかけられる。彼女はハリーがエイリアンであることを見抜いていた。

ヴァイオリンダはゴリアテの恋人だった。信号はゴリアテが送ったハリーへの招待状だったが、半年前、彼は死んで化石化してしまったという。アスタからゴリアテの死を知らされたハリーは落胆するが、遺体が化石化していると聞いて再びギャラリーに戻る。
ハリーが化石化したゴリアテの遺体を叩き壊すと、中からゴリアテとヴァイオリンダの子供である卵が現れる。ゴリアテがハリーを呼んだのは、自分の死後、卵を人間に奪われないよう託すためだった。
そこへ同じく信号をキャッチしたキャスパーが現れ、卵を奪おうとする。ヴァイオリンダから卵を託されたハリーとアスタは、追ってくるキャスパーをかわし、夜行列車でペイシェンスを目指す。
だが列車内にキャスパーが現れ、卵を渡せと襲いかかる。エイリアンの本性を現したハリーは襲いかかるキャスパーを殺し、列車の窓から突き落とす。
里帰りから戻ったケイトは、ダーシーと飲んでいるときに妊娠の兆候に気づく。自分は複雑な気持ちだが、ベンは喜ぶだろうと話すケイト。ベンが２人目の子供を望んでいないことを知るダーシーは、何も言わずケイトに妊娠検査キットを渡す。
マイクは殺されたサムの妻アビゲイルの悲しみを知り、彼女を逮捕したのは間違いだったのではないかと考え始める。マイクの悩みを聞いたダンは、ベトナム戦争で戦友を亡くした過去を語り、相棒に敬意を示すなら真犯人を捕まえろ、と諭す。
マイクとリヴはもう一度サムのオフィスを調べることに。彼の愛読書からヒントを得たマイクは、壁に飾られている額縁の中からサムが書いたメモを発見する。それは「ガルヴァン・パウエル」と５人の名前が書かれたリストだった。
ベンは老齢のスモールウッド医師を解雇し、ハリーを後任にしようと考える。そこでハリーの誕生日をサプライズで祝おうと、仲間たちと計画を立てる。ペイシェンスに戻ったハリーとアスタが小屋に入ると、ベンたちがパーティーの準備をして待っていた。

エイリアンボールを手に入れたローガンは、マカリスターを呼び出して取引を持ちかけるが、交渉中に何者かに撃たれて谷川に転落する。マカリスターも狙われ、応戦しながら逃げる。
ニューヨークから戻ったハリーとアスタを待ち受けていたのは、サプライズの誕生日パーティーだった。ハリーを診療所に復帰させたいという思惑から、ベンが企画したのだ。ハリーはエイリアンの卵が入ったバッグを地下のシェルターへ隠すが、パーティーの最中に卵が孵ってしまう。
アスタはパーティーに来たジェイから「18歳の誕生日を一緒に祝ってほしい」と言われ、喜んでランチの約束をする。
マックスとサハルは消息不明のイーサン医師がエイリアンと間違われて政府に拉致されたと気づき、アスタに警告する。２人はエイリアンの子がアライグマを食べているところを目撃し、ハリーの子だと思い込む。
ケイトはダーシーに背中を押されて妊娠検査キットを試し、妊娠していることを知る。だが夫のベンが妊娠を望んでいないことや、自分の留守中にダーシーとキスをしたり岩登りをしていたことを知って腹を立て、ベンと言い争いになる。都会での暮らしに憧れを抱くケイトは、この町も自分の人生も嫌いだと暴露する。
ハリーは家の外でエイリアンの子を見つける。エイリアンの子はテレパシーでハリーとつながり、ゴリアテからのビジョンを伝える。ゴリアテは「仲間は人類抹殺に来ない。侵略をはかる別の種族がもう地球にいる。用心しろ」と警告する。
そのとき、ニューヨークで会った謎の男が現れ、ハリーを撃つ。男は「サム・ホッジスはお前に頼まず自分で殺すべきだった」と告げてハリーを殺そうとする。アスタはハリーを助けるために猟銃で男を撃ち、ダーシーがその場を目撃する。

現場に現れたダーシーは、アスタがハリーを助けるために男を撃ったと知り、銃声を聞いて駆けつけたマイクに「アライグマを撃った」と嘘をついて帰宅させる。
撃たれた男の仲間は湖の上のボートから一部始終を見ていたが、エイリアンの子に襲われて食べられてしまう。
アスタとハリーは、アスタが射殺した男はサム殺しの犯人だとダーシーに噓の説明をする。ダーシーは警察に行くというアスタを止め、「私が守る」と約束する。
３人は相談して、男の遺体を彼が泊まっていたモーテルに遺棄することに。ハリーは男にサム殺しの嫌疑がかかるよう、ひそかに彼の車にサムのカルテを忍ばせる。
翌朝、モーテルの受付をしていたジュディは屋外風呂で男の遺体を発見。ジュディから通報を受けて現場を訪れたマイクとリヴは、被害者がタナー・コリントンだと知り、サム・ホッジスが額縁に隠した５人のリストの中の１人だと気づく。
ベンは町のイメージダウンを懸念し、隣町のジェサップ警察に通報して事件の捜査を押し付けようとする。モーテルはペイシェンスとジェサップの境界にあったが、遺体が発見された風呂はジェサップ側に位置していた。
ハリーは遺体検案書を偽造するため、診療所への復帰を承諾する。そして殺害現場で拾った薬莢をモーテルのそばの林に仕込み、「犯人が立っていた場所はペイシェンスだ」と主張。ジェサップ警察の刑事レナ・トーレスを説得し、合同捜査に持ち込もうとする。
アスタは人を殺した罪に耐えかね、「もう普通に戻れない」とハリーに苦しみを打ち明ける。アスタの痛みを理解したハリーは、彼女を救うために記憶を消す。そのためアスタはジェイとの約束を忘れてしまう。
撃たれたローガンはエイリアンボールを持っていたおかげで命が助かり、同じく何者かに狙われているマカリスターと一緒に身を隠す。

ハリーはアスタからパーティーの夜の記憶を消し、「仲間は人類を抹殺しに来ない」とだけ伝える。アスタに笑顔が戻り、安堵するハリー。
ハリーのインチキな検死により、タナーの殺人事件はペイシェンスとジェサップの合同捜査となる。再び起きた殺人事件でリゾート開発が白紙になることを恐れたベンは、ジェサップ主導での捜査をマイクに頼むが、そのリゾート開発へのこだわりは家庭の問題から目を背けているせいだと指摘される。
アスタはジェイの誕生日の約束をすっぽかしたことで、ジェイから責められる。約束した記憶がないアスタはハリーの仕業だと気づき、記憶を戻すよう訴える。アスタはハリーが死の恐怖を覚え、その感情から目を背けていることを指摘する。そしてネガティブな感情もポジティブな感情と同じくらい重要だと諭す。
サハルは80年前に失踪したボビー少年になりすましているエイリアンベイビーを見つける。ベイビーは逃げ込んだ廃坑でボビーの白骨遺体を見つけ、そのDNAを使って体を再生したのだ。サハルは自分がベイビーを育てると決め、ハリーには内緒にしておくようマックスに約束させる。
ハリーは死の恐怖を乗り越えるため、余命わずかな患者ジェラルドに会いに行く。「死が怖い」と打ち明けるハリーに、ジェラルドは「命には限りがある。だからこそすべての瞬間を大切にできる」と話す。ハリーはジェラルドの求めに応じ、彼を安楽死させる。

アスタはハリーと付き合うことに疲れ、距離を取ることに。アスタからタナーを殺したことを打ち明けられたダンは、「一緒に罪を背負う」と告げてアスタに寄り添う。
廃坑でボビーの白骨遺体を見つけたハリーは、エイリアンベイビーがボビーの姿になっていると推測し、マックスに捜索の手伝いを頼む。ドラムが欲しいマックスは、ドラムセットを買うためにバイトで雇ってもらうことを条件に手伝いを引き受ける。
ハリーはマックスがベイビーの行方を知っていると感づき、説得して居場所を聞き出す。ハリーとサハルはどちらがベイビーを育てるかで言い争いになり、その間にベイビーは逃げ出してしまう。
殺されたタナーの車からサムの患者のカルテが発見される。リヴはアスタに協力を頼み、カルテに載っていた死亡患者の家族から話を聞く。すると、亡くなった人はみなホーソン川に行っていたことがわかる。
リヴはホーソン川が汚染され、その隠蔽にタナーが関わっていたのではないかと推測し、マイクとレナに報告する。
エリオットの生き方に触発されたダーシーは、人生に向き合うことを決意。かつてのスキーコーチのもとを訪れ、選手としての復帰を考え始める。
マカリスターとローガンは、軍事基地に紛れ込んでいるスパイを見つけ出すため、システムをハッキングして内部を監視していた。イーサン医師を観察したローガンは、彼はエイリアンではなくただの人間だと主張する。
マカリスターはイーサンにエイリアンボールを持たせて崖から突き落とし、彼が生きているのを確認して、エイリアンボールの効果を知る。
ケイトは血液検査を受け、妊娠していないことを知る。

60年後。老いたハリーは、数十年間をともに過ごした人間の体に愛着を覚え、これまでのことを懐かしく思い出す。アスタはとうに亡くなり、地球は荒廃し始めていた。
現在。リヴとマイクはホーソン川を調査し、汚染源が上流の貯水池であることを突き止める。貯水池の所有者はカルヴァン・パウエル傘下のダミー会社だった。患者を診察して川の汚染に気づいたサムは、口封じのために殺害されたのだ。実際に殺したのは本物のハリーだったが、マイクとリヴはタナーが犯人だと思い込み、事件はFBIの管轄となる。
ダーシーはスキーの大会に出場するためトレーニングを開始し、膝を痛めてしまう。ハリーは大会を断念するよう助言するが、ダーシーは聞き入れず、痛み止めを要求する。
ベンは町の住民を集め、リゾート開発計画について説明する。アスタとダーシー、リヴとケイラは開発に反対し、ケイトを味方につけて開発を中止させようとする。
マカリスターとローガンはマックスとサハルを監視し、エイリアンベイビーの存在に気づく。罠にかかったベイビーは、ハリーとサハルの目の前で軍に拉致されてしまう。
ハリーのもとに、ヴァイオリンダから郵便物が届く。中身はゴリアテの本だった。ゴリアテが描いた絵の中には、ハリーとアスタの姿が描かれており、それを見たアスタはゴリアテの正体がハリーだと気づく。
500年後。地球は荒廃し、生き物はすべて絶滅する。エイリアンの姿で生き延びていたハリーは、別のエイリアンが残した〝ポータル〟を見つけ、過去に戻る。過去に戻ったハリーが最初に出会った人間こそゴリアテであり、死んだ彼に代わってその時代を生きていたのだった。

ハリーは〝ポータル〟を使う２つの種族、「グレイ」と「アルファ・ドラコニアン」のいずれかが地球に来ていると見当をつけ、アスタに伝える。
アスタは家のクローゼットで、幼い頃にダンがアスタの母親に送った古い手紙を見つける。手紙は宛先不明で戻ってきたのものだったが、アスタは母親も自分と同じように淋しい思いをしているのかもしれないと思い始める。
記された住所がダーシーの出るスキー大会の予選会場に近いと知ったアスタは、空き時間にハリーを誘ってその住所を訪ねることに。そこにはアスタの母メアリーエレンが住んでいたが、アスタを見ても喜ぶどころか無関心で、愛情のかけらも感じられなかった。帰り道、ハリーは傷ついたアスタを慰める。
ダーシーは膝に痛み止めを打って出場し、予選を１位で通過。本大会への出場を決める。恋人のエリオットや町の人々から祝福され、喜びをかみしめるダーシー。
帰り道、とつぜん時間が止まり、ハリーの前に「グレイ」が現れる。ハリーが描いたメッセージ（ミステリーサークル）を見て、接触してきたのだ。グレイは「邪魔しても無駄だ。君も君の周りの者たちも滅ぼしてやる」と告げて去っていく。

ケイトはケイラの事務所がリゾート開発計画の仮差し止めを請求すると知り、積極的に応援する。それを知ったベンは戦うことを決意し、夫婦はギスギスし始める。
ジェサップ警察のレナが気になりつつも、勇気を出せないマイク。リヴは２人をパブに呼び出し、デートさせる。
ダーシーは鎮痛剤に依存するようになり、言動にも影響が出始める。エリオットは何も打ち明けてくれないダーシーに愛想を尽かし、別れを告げて去っていく。ダーシーはアスタの家に駆け込み、助けを求める。
リヴは「エイリアン・トラッカー」を名乗るピーター・バックにメールを送り続け、ついにピーターが町にやって来る。ピーターは30年前に出産前の子供をエイリアンに奪われており、自身に埋め込まれた送信機だけがエイリアンとつながる手段だったが、かつてハリーに送信機を奪われていた。
リヴの資料の中からエイリアンの似顔絵を見つけたピーターは、エイリアンを見たというマックスに接触し、ハリーの居場所を聞き出そうとする。それを知ったハリーはマックスを丸め込み、ピーターを誘い出すことに。
マックスからハリーの居場所を聞き出したピーターは、その夜ハリーの小屋に忍び込んで襲撃しようとするが、待ち伏せていたハリーに捕らわれてしまう。

ベンは夢遊病に悩まされるようになる。決まって同じ夢を見るといい、その夢の中では、家族が誰も助けてくれないと言う。心配したケイトはリヴに相談し、ベンが子供の頃に家から閉め出されていたという話を聞く。
ダーシーはアスタの家に泊まり込んで、脱依存症の会に通っていた。ダーシーの社会復帰を望むアスタは彼女を家から追い出そうとするが、父親のダンに「だったらおまえも出ていけ」と言われてしまう。
ハリーは地下シェルターにピーターを監禁していたが、訪ねてきたアスタに見つかってしまう。ピーターからエイリアンベイビーが秘密の軍事基地に監禁されているかもしれないと聞いたハリーは、彼と一緒に基地に乗り込む計画を立てる。
ハリーはピーターに捕まったエイリアンのふりをして軍事基地に入り込み、ベイビーを見つけ出す。ピーターは検体として囚われていた息子のロバートと再会するが、彼を撃ち殺そうとしたグレイエイリアンの前に身を投げ出して命を落とす。ハリーはピーターから基地のデータのコピーを託される。
マカリスターと対峙したハリーは、彼女を殺すのを思いとどまり、ロバートとベイビーを連れて基地を脱出する。
ベンは交通事故を起こして診療所に運ばれる。ペイシェンスの素晴らしさに気づいたベンは、リゾート開発計画を中止するとケイトに話す。

基地から戻ったハリーは、アスタにもゴリアテのメッセージを聞かせる。グレイを阻止できるのはマカリスター将官だけだったが、ゴリアテは判断を誤り彼女を殺してしまったために、地球を守れなかったという。
アスタは彼女と協力して地球を守ってほしいと訴えるが、ハリーは「未来は確定している」と拒否。その後ジョセフを名乗るグレイから、ハリーの種族との話し合いの末に地球はグレイのものになったと聞かされる。
故郷に戻るための脱出用ポッドを提供されたハリーは、マックスに別れを告げ、エイリアンベイビーとともにポッドに乗り込む。だが自分が変わったことを知ったハリーは、ゴリアテとは違う未来の可能性を信じ、地球に残ることに。ポッドにはベイビーだけを乗せて打ち上げる。
リヴはピーターが交通事故死したというニュースを見て、殺されたのだと確信する。町に放置されていた彼の車を盗み、ひとりで調査しようとするリヴ。当初は聞く耳を持たなかったマイクも、ニセ警官が車を引き取りに来たのを見てリヴの主張を信じ始める。そんな中、追加の保安官代理としてグレイエイリアンのジョセフが町にやってくる。
アスタとダーシーは一緒に住むことを決め、新居を探す。そんな中、ジェイが再び診療所で働きたいと、アスタのもとへやってくる。アスタは喜んで受け入れる。
ダーシーはアスタの部屋を片付けている最中、サム・ホッジスの手紙とボツリヌス菌の瓶を見つける。ハリーがサムを殺し、アスタがそれを知りながら彼をかばっていたと知って、ショックを受けるダーシー。
ダーシーはハリーの小屋で２人を問い詰め、アスタに絶交を突きつける。言い争う２人を見たハリーは本来の姿に戻り、ダーシーの誤解を解く。ダーシーはエイリアンのハリーを受け入れ、秘密の仲間入りをする。
そこへ軍のヘリがやってきて、ハリーをさらっていく。マカリスターと再会したハリーは、秘密の地下施設へと案内される。
ロバートは人生をやり直すためハリーのもとを去るが、グレイの宇宙船に拉致され、エイリアンボールを奪われる。宇宙船には、同様に拉致されたベンもいた。さらに、ケイトのお腹から奪ったと思われる胎児もいて…。