｢レジデント・エイリアン｣シーズン2各話あらすじ･キャスト･予告動画

ハリーの宇宙船に乗り込んでしまったマックス。家に帰らせてと訴えるも無視され、力ずくで引き返させようとした挙げ句、宇宙船は墜落する。
頭に怪我を負ったハリーは病院で目を覚ます。しかし記憶が混乱し、ハリーとして暮らしていたことを忘れてしまっていた。
一方、アスタはマックスが軍に捕まったと思い込み、ベンとケイトに説明しようとホーソン家を訪れる。するとそこには普段通りの様子のマックスが。マックスから宇宙船が墜落したことを聞かされ、行方不明のハリーを捜すアスタ。
やがてエイリアンと自称する男が病院に保護されているという情報が届き、アスタは失踪中の患者だと偽って彼の身柄を引き取りに行く。ハリーの記憶を取り戻そうと、彼が通っていたレストランに連れて行くアスタ。そこで水槽のタコに話しかけられ、ハリーは記憶を取り戻す。
急いで野球場へ向かうが、宇宙船は故障していた。「誰かに見つかったら大変なことになる」とアスタに説得され、しかたなく宇宙船を小さなエイリアンボールに変換して持ち帰ることに。
人間化してしまったために、任務に失敗したという記憶に苦しめられるハリー。マックスは宇宙船が墜落する瞬間、ハリーがとっさに自分を守ってくれたと言い、「嫌ってるふりしてても、君は僕が好きなんだ」と真実を突きつける。
保安官のマイクとリヴは、密かにハリーを調査することに。マイクは父親のルイスとともに、６年前に亡くなった相棒を悼む。
アスタは親友のダーシーにジェイが実の娘であることを打ち明け、仲直りする。そして故郷の星を恋しがるハリーを慰め、「地球では血縁関係がなくても家族よ」と告げる。
ハリーはレストランの水槽のタコに、「失敗したお前のかわりに、誰かが全人類を抹殺しに来る」と告げられ、アスタが殺されることを考えて動揺する。自分がどんどん人間になっていくことを恐れたハリーは、水槽からタコを盗んで自宅に持ち帰る。

ハリーは仲間の攻撃から身を守るため、地下室に穴を掘り、エイリアンボールを使って地下シェルターを作る。アスタと2人でシェルターに入り、生き延びる計画だった。そしてシェルター暮らしには家事全般をこなす使用人が必要だと考え、救うに値する人間を探し始める。
マックスは突然生えてきた胸毛や濃いひげに慌てふためき、サハルとともにハリーを問い詰める。それはマックスがハリーの小屋から盗み出したエイリアンボールの影響だったが、ハリーは知らないふりをする。
アスタはハリーに町の人々と仲良くなってもらおうと、マイクたちがやっているポーカーに参加させる。そのポーカーの最中、ポーカー仲間のひとりが6年前にハリーが破産して小屋を売ろうとしたことを語る。
ハリーをシリアルキラーではと疑うマイクとリヴは、不動産業者のもとへ。ハリーは一旦は小屋を売りに出したがすぐに取りやめ、50万ドルもの借金を現金で返済したという。さらに、ハリーが以前勤めていたニューヨークの病院から、彼がボツリヌス毒素を保管するラボに不正侵入したことがある、という情報が入る。
ハリーはアスタを小屋に呼んで地下シェルターに案内する。エイリアンの仲間が地球を攻撃しに来ると知ったアスタは激怒し、「あなたと生き残るなら死を選ぶ」とその場で自殺するふりをする。アスタに死んでほしくないハリーは、無線機を作って仲間に連絡すると約束する。
そこへマイクとリヴが訪ねてくる。リヴは応対に出たアスタに「彼は危険人物よ」と忠告し、マイクは床下に隠してあったボツリヌス毒素の瓶を発見する。だが2人が地下室へ向かうと、もうひとりのアスタが現れ…。

マイクとリヴはサム・ホッジス殺害容疑でハリーを逮捕しようとし、逃げ回るハリーに向かって発砲する。２人を止めるため、アスタはハリーがエイリアンであることを明かす。
翌朝、マイクとリヴは昨夜の記憶を失っていた。ハリーが彼らの記憶を操作して忘れさせるとともに、サムを殺した真犯人はほかにいて、FBIが捜査を引き継ぐことになったと思い込ませたのだ。
アスタにせかされて無線機作りに取り掛かるハリーだったが、部品として必要な拡散器が手に入らず苦戦する。そこへケイトがいとこのカーリンを連れて現れる。カーリンはニューメキシコの研究所で働く技術者だった。
アスタたちは女性だけで憂さ晴らしのパーティーを開く。そこへハリーが現れ、カーリンを誘惑する。彼女の研究所にある拡散器が狙いだったが、アスタにそんなふうに女性を利用するのは残酷だと言われ、自ら盗みに入ることに。
リヴが一度も昇給していないことを知ったアスタとダーシーたちは、保安官事務所に忍び込んで町の職員の給与リストを盗み見る。新任の男性教師が自分の倍額の給料をもらっていると知ったケイトは激怒し、寝ているベンを叩き起こして賃金格差を糾弾する。
翌日、ハリーはエイリアンボールを使ってカーリンに変身し、研究所に侵入して目的の拡散器を盗むことに成功する。カーリンがセクハラ上司に狙われていることを知り、女性が置かれている立場を理解するハリー。
無線機を完成させたハリーのもとに、マックスとサハルがやってくる。サハルはエイリアンボールがマックスに悪い影響を与えていると気づき、秘密の場所に隠したとハリーに伝える。
ダーシーは「賃金の男女平等を求める」と書いたビラを作り、ヘリコプターで上空から撒く。ベンは町議会で賃金格差の解消を訴えるとケイトに約束する。

サハルとマックスはハリーの無線機を疑い、実は爆弾ではないかとアスタに話す。ハリーによると、故郷の星にメッセージを送るためには最適な場所から決められた日時に送信しなければならず、それを逃せば次のチャンスは１年後になるという。
アスタは送信に立ち会うため、父親のダンと一緒にハリーに同行するが、いとこのケイラとドリューもキャンプに参加したいと言い出す。ダンが２人と釣りを楽しんでいる間に、アスタはハリーと一緒に山に登る。
目的地に到着すると、ハリーは無線機を起動させる。無線機が本物だとわかり安堵するアスタだったが、そのメッセージの内容は、50年後に人類を滅ぼすよう仲間に伝えるものだった。
怒ったアスタは無線機を倒し、送信を中断させる。アスタがなぜ邪魔するのか理解できず、ハリーは混乱する。50年後であればアスタは死んでいるし、人類を抹殺すれば地球を救うこともできるからだ。
その夜、アスタとハリーは先住民の妻サニーの出産を手伝う。動画で学んだ知識を使い、無事に赤ん坊を取り上げるハリー。アスタのジェイに対する思いを知ったハリーは、人間がお互いの命をどれだけ大切にしているかを理解する。
ベンはケイトに説得され、偵察のためジェサップのレストランを訪れる。ＣＭでペイシェンスを中傷したジェサップの町長ミッチ・グリーンに会った２人は、ペイシェンスを見下す彼の発言に激怒して店を出る。
ダーシーはリヴを誘い、両親との食事会に出かける。リヴはそこで女性とデート中のマイクを見かける。デート相手にペンシェンスに来た理由について問われたマイクは、ワシントンDCでミスを犯し、親友を死なせてキャリアを失ったことを明かす。
エイリアンを捜すマカリスターは、精神科に通う患者を拉致して秘密の施設に監禁する。監禁されている者の中には診療所の医師イーサンもいた。キャスパーはエイリアンの特徴を持つ暗号を拾い、マカリスターに報告する。
その頃、ハリーの家にあった無線機が信号を受信する。故郷の言語で届いたのは、ニューヨーク市の電話番号だった。

5年前。ワシントンDCでマイクの相棒だったジェシーは、マイクとともに犯人を追跡中に撃たれ、亡くなってしまう。部屋にこもり酒浸りになっていたマイクは、ジェシーが飼っていた子犬のクリータスを引き取る。
ハリーはエイリアンの言語で書かれた電話番号を受信するが、人間になりすぎた自分を仲間に拒絶されることを恐れ、連絡することができない。アスタは渋るハリーに電話をかけさせるが、電話に出たのはピザ店だった。
そんな中、マイクとリヴが自転車を盗もうとした少女ライザを捕まえる。ライザはハリーの最初の妻との娘で、非行少年更生キャンプから逃亡してきたという。アスタに説得され、しぶしぶライザを連れて帰るハリー。テレビで学習した父親像を実践するハリーだったが、ことごとくうまくいかず、ライザに「何か違う」と怪しまれる。
ハリーはライザを連れてファミリーデーに参加する。ハリーと仲良くなったライザは、自分が３年前とは変わってしまったことや、３年ぶりに会う父親に受け入れてもらえるか不安だったことを打ち明ける。ライザは「一緒に過ごせてよかった」と告げて母親のもとに帰る。
リヴは記憶がない一日にこだわり、エイリアンの仕業ではないかと考え始める。マイクもその日の記憶が欠けていることに気づき、過去の辛い経験が原因ではないかと密かにハリーに相談する。ハリーはマイクの懸念を取り除くため、彼が病気の父親と釣りを楽しんでいる架空の記憶を植え付ける。

６か月前。サム・ホッジスは本物のハリーを訪ね、ニューヨークの慈善イベントで得た大金の件で相談する。家族の隠し撮り写真が送りつけられ、恐怖を感じているという。警察に話すというサムを、「やつらに逆らうには計画が要る」と説得するハリー。だがサムが帰ると、ハリーは何者かに連絡してサムの処置を相談する。
現在。ハリーとアスタはニューヨークへ行くことを決める。ハリーは旅費として、もともと小屋にあったという大金の入ったバッグを持ち出す。バッグの中にはハリーと親しい人たちを隠し撮りした写真と、サムの患者のカルテが入っていた。
サムのメモには“カルヴァン・パウエル・グループに対抗する証拠だ”と書かれており、アスタはサムの死と関係しているのではと推測する。
ニューヨークへ発つ前日、サハルはハリーの小屋を訪ね、エイリアンボールを誰かに盗まれたことを明かす。２人が言い争っていると、ハリーが預かっていた犬がタコをくわえて現れる。タコは「仲間を見つけろ」とハリーに告げて死んでしまう。彼の遺言に従い、タコを調理して泣きながら食べるハリー。
翌日、ハリーとアスタはニューヨークへ行き、例の電話番号に該当するピザ店を訪れる。ピザ店に手がかりはなかったが、店の近くで壁画を発見する。そこにはエイリアンの文字で「ゴリアテ」と書かれていた。
謎の路上アーティストであるゴリアテがエイリアンだと推測し、彼を探すハリーとアスタ。その途中、ハリーはカルヴァン・パウエル・グループの関係者と思われる男に遭遇する。彼はハリーを見て驚き、「お前は大きな過ちを犯している」と告げて立ち去る。
リヴはマイクの様子がおかしいことに気づき、彼を呼び出して理由を問い詰める。マイクは６年前に相棒のジェシーを失ったことを話す。マイクにとってジェシーは幼い頃からの親友で、兄弟のような大切な存在だった。
未だに彼の死を乗り越えられず、自分を責めるマイク。また相棒を失うことになったら…と怯えるマイクに、リヴは「私にもあなたにも何も起こらない。私が阻止する」と断言する。
ケイトがマックスを連れて里帰りし、ベンはダーシーと一緒に土地を見に行く。ケイトの前ではがまんしていることが多く、自分を出せていないと語るベン。ダーシーに背中を押されたベンは、しまっておいた壁掛けをリビングに飾る。
ハリーとアスタはゴリアテの絵を展示するギャラリーへ行き、彼が10年以上前から地球で生活していたことを知る。仲間が人間化していることに失望するハリー。ギャラリーの客から勧められた幻覚剤を試したハリーは、幻覚に襲われてパニックになり、ギャラリーを飛び出す。
アスタはイベントの主催者であるヴァイオリンダに声をかけられる。彼女はハリーがエイリアンであることを見抜いていた。

ヴァイオリンダはゴリアテの恋人だった。信号はゴリアテが送ったハリーへの招待状だったが、半年前、彼は死んで化石化してしまったという。アスタからゴリアテの死を知らされたハリーは落胆するが、遺体が化石化していると聞いて再びギャラリーに戻る。
ハリーが化石化したゴリアテの遺体を叩き壊すと、中からゴリアテとヴァイオリンダの子供である卵が現れる。ゴリアテがハリーを呼んだのは、自分の死後、卵を人間に奪われないよう託すためだった。
そこへ同じく信号をキャッチしたキャスパーが現れ、卵を奪おうとする。ヴァイオリンダから卵を託されたハリーとアスタは、追ってくるキャスパーをかわし、夜行列車でペイシェンスを目指す。
だが列車内にキャスパーが現れ、卵を渡せと襲いかかる。エイリアンの本性を現したハリーは襲いかかるキャスパーを殺し、列車の窓から突き落とす。
里帰りから戻ったケイトは、ダーシーと飲んでいるときに妊娠の兆候に気づく。自分は複雑な気持ちだが、ベンは喜ぶだろうと話すケイト。ベンが２人目の子供を望んでいないことを知るダーシーは、何も言わずケイトに妊娠検査キットを渡す。
マイクは殺されたサムの妻アビゲイルの悲しみを知り、彼女を逮捕したのは間違いだったのではないかと考え始める。マイクの悩みを聞いたダンは、ベトナム戦争で戦友を亡くした過去を語り、相棒に敬意を示すなら真犯人を捕まえろ、と諭す。
マイクとリヴはもう一度サムのオフィスを調べることに。彼の愛読書からヒントを得たマイクは、壁に飾られている額縁の中からサムが書いたメモを発見する。それは“カルヴァン・パウエル”と５人の名前が書かれたリストだった。
ベンは老齢のスモールウッド医師を解雇し、ハリーを後任にしようと考える。そこでハリーの誕生日をサプライズで祝おうと、仲間たちと計画を立てる。ペイシェンスに戻ったハリーとアスタが小屋に入ると、ベンたちがパーティーの準備をして待っていた。